• Kesultanan Johor Riau diasaskan oleh waris Kesultanan Melayu Melaka. Kerajaan ini juga mewarisi sistem pemerintahan dan pentadbiran serta wilayah jajahan takluk dan naungan KMM.

Pengasasan Kerajaan

• Kesultanan Johor Riau telah diasaskan oleh Raja Ali (Sultan Alauddin Riayat Shah I), putera Sultan Mahmud Shah dan Tun Fatimah. 
• Membuka negeri di pesisir Sungai Johor.

1. Pusat Pemerintahan Kota Kara, Pekan Tua 

• Sultan Alauddin Riayat Shah Imembina pusat pemerintahan diKota Kara, Pekan Tua (1528).
• Kawasan berbukit bukau di sekitar Kota Kara menjadi benteng pertahanan daripada ancaman luar.

2. Pusat Pemerintahan Kota Sayong, Sayong Pinang

• Sultan Alauddin Riayat Shah Iberundur selepas Portugis menyerang dan membuka pusatpemerintahan di Kota Sayong.
• Kawasan ini lebih selamat kerana kapal perang musuh sukar melintasi sungai yang sempit.

3. Pusat Pemerintahan Kota Batu, Johor Lama

• Kawasan ini juga dikenal sebagai Tanjung Batu.
• Kedudukannya yang strategik di Sungai Johor yang lebar dan dalam memudahkan kemasukan kapal dagang.

Cabaran Ke Arah Kegemilangan

1. Persaingan Johor - Acheh - Portugis

• Persaingan ini bertujuan untuk menguasai perdagangan di Selat Melaka. Perang ini dikenali sebagai PerangTiga Segi.
• Peperangan ini berakhir apabila Johor memberikan bantuan kepada Belanda untuk mengalahkan Portugis dan menguasai Melaka pada tahun 1641.

2. Perang Johor - Jambi

• Johor menuntut wilayah Tungkal daripada kerajaan Jambi.
• Jambi tewas dan tunduk di bawah kuasa Kesultanan Johor Riau yang berpusat di Riau. (1679)

3. Konflik Pembesar

• Konflik berlaku antara Bendahara Tun Habib Abdul Majid dengan Laksamana Tun Abdul Jamil untuk menguasai pemerintahan Kerajaan Johor Riau.
• Persaingan berakhir dengan pengunduran Laksamana Tun Abdul Jamil ke Terengganu.
• Keturunan Bendahara kembali berpengaruh dalam pemerintahan Kerajaan Johor Riau.

4. Ancaman Raja Kechil

• Raja Kechil menyerang Johor pada tahun 1718 keranamenuntut takhta kerajaan Johor. Baginda mendakwadirinya sebagai putera Sultan Mahmud Shah I.
• Raja Sulaiman meminta bantuan Opu Bugis Lima Bersaudara untuk mengusir Raja Kechil.
• Raja Kechil dapat dikalahkan pada 4 Oktober 1722.

Strategi Menghadapi Cabaran

1. Pemindahan Pusat Pemerintahan

• Pusat pemerintahan sering berpindah disebabkan oleh keperluan strategi ketenteraan dan pertahanan serta muslihat mempertahankan diri daripada ancaman Portugis dan Acheh.

2. Membina Kota Pertahanan

Kota Kara:

• Dibina semasa pengasasan kerajaan oleh Sultan Alauddin Riayat Shah I.
• Pagar dibuat dengan pancang kayu besar setinggi 40 kaki (12 meter).
• Diperkuatkan dengan bedil dan meriam.

3. Menjalinkan Hubungan dengan Belanda

• Kepemimpinan Kesultanan Johor Riau mengadakan perjanjian persahabatan dengan pihak Belanda. Persahabatan ini bertujuan untuk strategi menghadapi ancaman daripada Portugis di Melaka dan Acheh.